2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。 斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。 可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮...
本来是重案组沙展的朱华标（刘青云 饰）因殴打上司被处分调往冲锋队。成为麦兜（张达明 饰）、Apple（李绮红 饰）、大丹、饭焦（陈小春 饰）几人的上司，但朱华标却与饭焦常常发生矛盾。 此时，重犯教授与小鸟成功从狱中逃脱，更想在闹市中枪杀国际刑警，华标不管上司及同事的反对而奋力追捕，就算最后他们一组人成功将教授抓获。一天他们在巡逻时，华标收到消息这群罪犯要到国际刑警的总部偷取九千万的赃款，华标正欲前往，但他们本身就有任务在身，饭焦便极力反对华标的行动……
一名外交官员在战区巡视时被捕并被监禁，因此组建了一支精英女性突击队潜入女子监狱进行大胆的营救。
董海川净身入宫准备刺杀咸丰皇帝，却接连遭遇咸丰驾崩和义军兵败两重打击，要刺杀的目标和委托他刺杀的人都没有了,此时正值第二次鸦片战争之后，洋人势力在京城作威作福，董海川决意重新振作要将八卦掌研究至大成。
ICAC首席调查主任陆志廉（古天乐 饰）与总调查主任程德明（郑嘉颖 饰）共同调查走私贪污案，意外发现另一起涉及人口贩卖的海关贪腐大案。此案与恐袭集团首脑King及其幕后指使人肖卓亚（谢天华 饰）有关，并牵涉多名香港海关高层领导，且似乎与受邀到香港、被JFIU廖保强（张智霖 饰）秘密保护的亚洲首席大法官庞爱玛（宣萱 饰）也有联系。暗流涌动、扑朔迷离，真相究竟何时浮现……
