继上一次的怪兽高燃对战之后，金刚和哥斯拉将再度联手对抗一个潜伏在世界中的巨大威胁，并逐步探索这些巨兽们的起源以及骷髅岛等地的奥秘。同时，上古之战的面纱也将会被揭晓，而正是那场战斗创造出了这些超凡的生物，并深刻影响了人类世界的命运。
在一个静寂肃杀的夜晚，居住在镇上的柯迪（保罗·麦卡锡·波英顿 Paul McCarthy-Boyington 饰）、杜克（布莱德·威廉姆·汉克 Brad William Henke 饰）和欧提斯（麦克·C·威廉姆斯 Michael C. Williams 饰）穿梭在阴森的丛林中，几番交手最终抓到一只形容恐怖的异种怪兽。它的眼睛能够迷惑人的心智，被其伤害后全身会因感染而溃烂，最终痛苦死去。柯迪的哥哥提米15年前即死于异种之手，多年来他和同伴一直往返森林和小镇，寻找复仇的机会。 这次他们带着异种来到当年的好友韦尔（亚当·考夫曼 Adam Kaufman 饰）家中。柯迪、杜克受伤被感染，韦尔的女友紧张之余还打电话报警。混乱之际，异种挣脱锁链逃脱，恐怖在斗室之中蔓延……
某座住宅区，负责公寓内各项维修事务的菲恩（Matt O'Leary 饰）和约瑟（George Finn 饰）是一对穷的叮当响的好基友。某天菲恩的女友凯莉（Danielle Panabaker 饰）来到他们的住处，当得知住在隔壁的贝先生已经很长时间没走出房门时，凯莉自告奋勇上门查看，结果却一脸错愕地回到二人面前。原来贝先生早已不见踪影，房间内一面墙贴满了以三个人为对象的拍立得照片，窗口则有一台奇怪的机器正对着菲恩和约瑟的房间。不久后他们发现，那台机器竟是可以拍摄到未来情景的照相机。他们发现了贝先生的尸体，然而因为照相机的原因秘藏了此事。 无意间拥有了窥视未来的手段，年轻人们的心不知不觉躁动起来……
少女科学家珊曼莎是地球经历末世浩劫后的幸存者之一。她并未随着他人弃守家园，反而留在地球，并致力寻找让人类生存下去的方法。 在最后一艘宇宙飞船开往遥远人类太空殖民地之际，她留守的决心因为另一位幸存者麦卡的到来而动摇。她必须决定要与麦卡一起出发到人类避难之所开展新生活，还是继续留下来保卫地球。
