2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。 斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。 可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮...
宋真宗密令白玉堂送一封密信给一位朝中重要人物，却不想对方看信后，毒发身亡。为查清真相，白玉堂找解药过程中，发现了被囚禁的棋仙，揭开了白虎门勾结大辽，利用十年前的一桩宫廷秘闻刺杀皇上的真相，与棋仙一起，粉碎了敌人的阴谋。
民国时期，关中乾州地区时局动荡，黑恶势力鱼肉百姓，猖獗于众。为了改变长期遭受蹂躏压迫的局面，神医李道安与有志之士苏青云想团结老百姓起来反抗，但却拿不出来有效的解决方案。女主杨春丽留学归来，思想先进，洞若观火。男主彦碧虽然武功高强，但也只想解决温饱。然而在杨春丽的感染指点下彦碧开始有了思想，想为社会做出自己的贡献。最后在李道安，苏青云和女主杨春丽，男主彦碧两代人的共同努力下，老百姓团结一致，最终战胜了黑暗。
在尼比鲁星球探查期间，企业号舰长柯克（克里斯·派恩Chris Pine 饰）为营救史波克（扎克瑞·昆图 Zachary Quinto 饰）采取了胆大妄为的举动，几乎危及全舰队员的生命，他也为此付出代价。不久，柯克官复原职，而伦敦发生一起死亡超过四十人的恐怖袭击事件。该事件的始作俑者约翰·哈里森（本尼迪克特·康伯巴奇 Benedict Cumberbatch 饰）正来自联盟内部。此后他驾驶飞机袭击了高层会议，柯克最为敬重的派克将军不幸遇难。为了阻止哈里森的外逃阴谋，柯克重新率领企业号启程追击。危机重重的旅途，他和舰员、朋友之间的信任也受到巨大考验。 当他们最终找到哈里森，才终于知晓他的真实身份，以及伦敦袭击事件背后的阴谋和黑幕……
