2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。 斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。 可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮...
为了研究抗癌特效药，探险团队前往失落的孤岛寻找一种远古植物-火狱蔓莲，却在岛上遭遇了远古生物的袭击并发现了侏罗纪遗址，在经历万难，获得花蕊之后，众人再次遭到了迅猛龙追击，最终团队四散，只有三人在危机之中逃了出来，乘船离开了孤岛。
在两个孩子误打误撞进入制毒窝点被绑架后，特警老兵“枪手”(Gunner)需要深入毒枭帮派内部，在与犯罪分子和当地警方周旋下救下他的海紫。
第二吹世界大战末，一位由共产党交通护送从欧洲转道而来的武器专家寒冰，由上海前往苏北抗日根据地。消息被日本宪兵司令部与国民党军统得知，双双拦截。日军、国民党军统在追捕过程中大开杀戒，激起隐身民间的枪神郑啸天的愤慨，在共产党地下组织的启迪下，他重新擦枪，投入杀敌行烈。郑啸天利用其在上海的特殊身份，乔装打扮，深入敌方，肃清了台前台后的内奸外敌，将国家急需的人才和钱款安全送往抗日根据地。
