2285年，在与可汗的战斗中损坏的联邦星舰进取号，返回了地球的太空港以进行维修。柯克还在为斯波克的死感到悲伤。麦科伊医生出现了种种异常的行为：如擅自闯入被封锁的斯波克原来的舱房、胡言乱语等，最后他被送进了医院进行精神检查。斯科提被另分派到了联邦星舰精进号。星际舰队指挥部 对新形成的创世星下达了禁入令。柯克被告知，进取号即将除役。 斯波克的父亲沙瑞克找到柯克并告诉他，斯波克的遗体必须返回瓦肯星，否则他的灵魂就不得安息。沙瑞克要求柯克必须回到创世星，寻回斯波克的遗棺并将它带回瓦肯星——而斯波克临死前与麦科伊进行了心灵融合，因此带有斯波克灵魂的麦科伊也必须前往瓦肯星。 可是，星际舰队拒绝让陈旧的进取号离开太空港。从医院出来后听闻消息的麦科伊，企图招募一艘飞船回到创世星。在与人争吵时他被逮捕，但这并没有影响到整个计划：在柯克、斯科特、苏鲁、乌乎拉和切科夫的帮...
悲伤的爱德华和阿尔冯斯两兄弟，试图利用炼金术中最大的禁忌——人体炼成术救活撒手人寰的母亲，谁知却遭遇巨大的灾难。失去身体的阿尔冯斯，其灵魂被封禁在铠甲中，爱德华则以自己的右臂和左脚为代价，迫使弟弟止步冥国门前。许多年后，爱德华（山田凉介 饰）成长为这个国家中最年轻的钢之炼金术师，他与弟弟（水石亚飞梦 配音）上下一心，共同奔跑在寻找贤者之石的道路上。与此同时，神秘的人造人拉丝特（松雪泰子 饰）、恩维（本乡奏多 饰）盘桓这个国家的角落，她们策划者恐怖的勾当，一时间上空阴云密布…… 本片根据荒川弘的原作漫画改编。
盖茨家族是出名的冒险家家族。本（尼古拉斯•凯奇 Nicolas Cage 饰）小时候就获悉了他们家族的一个惊天秘密：美国开国时埋藏国家财富的地点就藏在《独立宣言》中。尽管父亲不想盖茨家族在纠缠于国家宝藏，但本还是与电脑高手雷利（贾斯汀•巴萨 Justin Bartha 饰）一起开始了寻宝行动。 本的寻宝计划很快陷入了僵局。与此同时，英国富豪伊恩（肖恩•宾 Sean Bean 饰）也盯上了这个宝藏，他派人潜入了美国国家图书找寻《独立宣言》中宝藏的秘密并密谋对付本。图书馆的艾比嘉尔博士（戴安•克鲁格 Diane Kruger 饰）获悉了伊恩的险恶用心后，决心帮助本找到国家宝藏…
