本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景，将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。 企业号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡特接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡特不顾命令，仍然参与战斗，之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。
为了研究抗癌特效药，探险团队前往失落的孤岛寻找一种远古植物-火狱蔓莲，却在岛上遭遇了远古生物的袭击并发现了侏罗纪遗址，在经历万难，获得花蕊之后，众人再次遭到了迅猛龙追击，最终团队四散，只有三人在危机之中逃了出来，乘船离开了孤岛。
东南亚已经成为许多生物工程技术公司的庇护之地，在摩加迪休（索马里首都），一种高传染性病菌从研究中心扩散到人群，病毒迅速入侵人体并致人于狂躁，犹如僵尸般生吃未受感染的人，城市陷入了毁灭的境地，雇佣兵迈克尔｀加特林受雇前往营救雇主的女儿，不断受到感染人群的死亡攻击，营救任务充满死亡气息??
