上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。 此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
在切尔诺贝利异常区,在第4发电机组的保护性石棺下,全球金泰克公司正在进行非法建筑。这些计划需要阻止建立一个特别的州际委员会,但就在新闻发布会上,不明身份的恐怖分子组织的头目。他成功地与该区域作战,但现在似乎该区域本身已经俘获了他。他的四分之一的朋友——一切,时间,时间和夜晚——不需要其他任何东西,只是再次踏上旅程,试图拯救帕夏,并制造一个全球性的威胁。