故事讲述一名战功赫赫的海军父亲（里兹·阿迈德 Riz Ahmed 饰）为了保护两名年幼的儿子，带着他们跑路。这趟旅程却将父子三人往越来越危险的方向前进，男孩们必须面对残酷的真相并被迫长大，挥别单纯的童年。
十八世纪初，制图家格林在从欧洲向东方的科考旅途上。在翻越喀尔巴阡山脉的过程中，他迷失在森林深处一座被遗弃的村庄——只有偶然的意志和浓雾能将他带到这个被诅咒的地方。在这里生活的人不像任何他在旅途上曾经见过的人。这些通过深深的沟渠将自己与世界隔绝的人们，天真地相信这样便能摆脱不纯净，却不明白腐朽早已深入他们的灵魂，只是在等待时机爆发。这位唯物主义的科学家在梦里也不会预料到，在这里迎接他的是魔鬼的忠实仆人。
史上最另类超级英雄、语不惊人死不休的死侍（瑞安·雷诺兹 Ryan Reynolds 饰）睽违六年终于万众瞩目重返大银幕，更首度加入漫威电影宇宙！除了与老搭档钢力士、负音波少年弹头和雪绪再度聚首，更将与睽别15年的金钢狼（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）二度并肩作战再续兄弟情，时间管理局找上门带走他也从容不迫，并自认只有自己能当漫威救世主，改写漫威电影宇宙！
上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。
