地球航天基地捕捉到一组神秘的信号，科学家认为信号来自宇宙其他的文明。为探寻外星文明，舰长“原”驾驶着星际飞船——深空号，带领全船93名船员和智能机器人“柒”驶向宇宙，踏上星辰征途。但不久后，飞船神秘失踪。 150年后，深空号飞船突然出现在地球轨道附近，船上只剩下一名幸存的休眠者， 她是舰长原的恋人“尹”。人类航天部门成立临时委员会，对尹进行调查和询问，“深空号”的惊悚经历徐徐展开。
年轻女子米歇尔（玛丽·伊丽莎白·温斯特德 Mary Elizabeth Winstead 饰）不久前刚和男友发生争吵，她夜晚驾车奔驰在黑暗的公路上，突然遭遇严重车祸昏迷过去。当她再度醒来时，发现自己被绑住手脚，关在一个密闭的空间里。少顷，一个健硕冷峻的男子霍华德（约翰·古德曼 John Goodman 饰）走了进来。军人出身的霍华德声称地球刚刚遭遇可怕的生化危机，地球人几乎灭亡殆尽。他在数年前未雨绸缪修建了这个设备、资源齐全的避难所，只为生存下去。避难所内，除了霍华德、米歇尔外，还有另外一个年轻男子埃米特。米歇尔对霍华德的说辞半信半疑，她坚信自己遭到了变态狂的拘禁。 真相究竟为何？威胁无处不在……
托马斯（迪伦·奥布莱恩饰）率领的林间斗士在经历了迷宫逃脱和末日丧尸的生死考验后，终于迎来最后的正邪较量。由托马斯、纽特（托马斯·桑斯特饰）等人领军的营救团队，耗时三年筹划营救被抓走的米诺，却意外地发现米诺不在劫获的那截火车上。经调查得知，米诺深陷在WCKD组织的控制之中，托马斯和纽特毅然决定起身前往被称为“最后之都”的人类最后净土，更不惜利用背叛林间斗士投身WCKD的特蕾莎（卡雅·斯考达里奥饰）闯入WCKD，营救米诺和其他人。
