在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。 鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
大空遥（优木加奈 配音）是一个个性活泼开朗的女生，却因为自己个子太高走在人群中过于扎眼而时常感到缺乏自信。原本居住生活在东京的她来到了临近大海阳光灿烂的冲绳，进入那里的高中就读，在冲绳，遥和表妹比嘉比方（宫下早纪 配音）重逢了。 在比方的影响下，遥开始接触沙滩排球，令遥感到自卑的身高，在这项运动里却成为了她的优势。个性大大咧咧不拘小节的红爱（种崎敦美 配音）、凡事都十分认真一板一眼的惠美理（末柄里恵 配音），通过这项运动，遥结识了一帮志同道合的好友们，在金黄的沙滩上和蔚蓝的大海边，女孩子们尽情的挥洒着她们的汗水。
人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵，战乱时代持续不断。 拉格村的少年·凯为了守护村庄，每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中，伙伴们接连倒下，而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而，原本只是一个普通村民的凯，不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中，一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。
