新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
故事讲述了人们从出生开始，就被付与了一本书。从生到死按照“命运之书”记载的脚本生存下去的宿命。在此之中，持有空白脚本的“空白之书”出生的艾克斯，与同样拥有“空白之书”的同伴们相遇，踏上了寻找自己使命的旅程。这是一部被不断阅读过的童话故事。
与父亲生活在森林的少年铁剑，想成为天下第一剑士。在一次偶然中，他被大猩猩追击无意间到达城市，与被“剑”的魔力影响而成为鬼的高中生剑道高手鬼丸猛产生斗争，开启了寻找“剑”的旅途。
大地翔（福山润 配音）是一位平凡的少年，虽然表面上看起来大大咧咧不拘小节，但实际上心思十分的细腻温柔。某日，大地翔喝了一罐哈密瓜汽水，在准备将空易拉罐丢弃之时，震惊的发现易拉罐竟然化身成为了金发少女哈密瓜（成田纱矢香 配音），就这样，大地翔成为了哈密瓜的主人。 沉默寡言冷静成熟的艾尔（能登麻美子 配音）、身材娇小喜欢撒娇的葡萄子（悠木碧 配音）、身份神秘拥有强大实力的未来（中岛爱 配音），这些个性迥异的空罐少女们接二连三的出现在了大地翔的身边，而大地翔则被卷入了在空罐少女们之间进行的名为“空罐选拔赛”的战斗之中。
人族领地遭到灰猿人族和猪人等亚人种入侵，战乱时代持续不断。 拉格村的少年·凯为了守护村庄，每天都在战斗中度过。在被称为“加护者”的强大力量持有者的严酷战斗中，伙伴们接连倒下，而自己却突然回忆起本不该经历的不可思议的记忆。那是比这个世界更先进的文明技术和人们生活的知识。然而，原本只是一个普通村民的凯，不久后将被卷入巨大的考验之中。在残酷的世界中，一位少年的战斗与成长的壮丽奇幻故事在此展开。
