苍云界，仙魔两道相争不断。 徐长青出身青莲剑谷，一心想当剑仙，好景不长，苍月宫第九魔将入侵青莲剑谷，徐长青爷爷牺牲，徐长青获得“青莲帝剑”的认可，与第九魔将对抗不敌。后昆仑太白剑仙秋无涯赶到，击退魔门，将徐长青和牧紫熏带至昆仑。昆仑众真人想夺青莲帝剑，被秋无涯呵止。徐长青觉醒了自己的仙灵“混沌聚灵碑”，被秋无涯收作弟子。在仙剑大比中，徐长青击败夏青候夺得头冠，获得进入昆仑禁地的资格，为了找到能够复活爷爷的不老神泉，徐长青选择踏入凶险的昆仑禁地。
一心寻妖的少年人吴道应，在厌倦了衙役的敷衍日常后，愤而离职，跟随青玄踏上了缉妖之路，并在后续和各路妖怪的交手中，逐渐突破自我、坚定信念，最终破除困境，用勇气和悲悯实现了个人的成长和对他人的拯救。 作品改编自小说《吴承恩捉妖记》。
第四季《万古仙穹4：银月城篇》接替上季内容，讲述了娲后三魂仅需找到最后一魂便可重生，古海为救小柔，前去银月城阻止大明王神寻到最后一魂。可银月城内却是更加艰险万分，古海将要面对新的挑战。
