六千年后，曾经鼎盛的剑士一脉已经衰落，只靠剑仙朝青秋一力撑着如今的剑士一脉，以对抗三教共十二位圣人，李扶摇身负大仇，在小国小镇说书为生，去剑山，去妖土，去佛土，在报仇之后，这才明白，整个人间都有一个巨大的骗局，为何六千年前剑士一脉会开始衰落，为何这六千年来，以及六千年前的圣人剑仙们都求不得长生？朝青秋为什么假死留在人间？佛土那盏灯笼到底是什么？妖土的那条龙又是不是天外来客？天外到底有什么？这些东西，都随着李扶摇的不断成长，一步步都被揭开。
人类在“生命之河”南方富饶的土地上繁衍生息了万年后，终于形成了统一的王国。又经历四个王朝的更替，处在蒸汽文明顶端的人类王国已经异常强大：由于“高燃度煤晶石”的发明，生物脑、机械人、蒸汽枪械，蒸汽车辆甚至带蒸汽辅助动力的重装甲相继出现。有限的领土已经无法满足人类的欲望，资源的枯竭成为进一步发展的掣肘，北方广阔的土地自然成为扩张的方向。 然而，北方的动物不知何时吃下了“智慧果实”，诞生智慧，自称“灵”。冒险深入北地的人类探险队在报告中曾经提到：“万里地，十亿灵”。在“灵”的眼中，连“智慧果实”为何物都不知道的人类根本算不上拥有“真正”的智慧，最多只能是“伪灵”。北方“灵”族很快以强大的实力压制了人类的扩张，战争逐渐进入僵持状态，持续不断的冲突几乎贯穿了双方的历史。 GD0113年，残酷的“红河之战”正在将大陆拖入另一个千年战争。突然降临的神秘势力插入战场...
一心寻妖的少年人吴道应，在厌倦了衙役的敷衍日常后，愤而离职，跟随青玄踏上了缉妖之路，并在后续和各路妖怪的交手中，逐渐突破自我、坚定信念，最终破除困境，用勇气和悲悯实现了个人的成长和对他人的拯救。 作品改编自小说《吴承恩捉妖记》。
第四季《万古仙穹4：银月城篇》接替上季内容，讲述了娲后三魂仅需找到最后一魂便可重生，古海为救小柔，前去银月城阻止大明王神寻到最后一魂。可银月城内却是更加艰险万分，古海将要面对新的挑战。
