初入职场的秦明（张耀 饰）为了调查母亲遇害的谜团时意外被卷入一宗凶杀案，因此结识了安然（汤敏 饰）、林涛（彭楚粤 饰）、环环（马昕墨 饰）等一众法医和警员。剧中每一个案件背后都是一个社会话题，每一个案件独立却又与一个巨大阴谋有着千丝万缕的联系。剧集根据《法医秦明》系列的第一部作品改编。
韦峻轩（罗仲谦饰）是香港警队里一个见习督察，立志要成为史上晋升得最快的督察。一次扫毒行动中，峻轩碰上疑犯五折，公报私仇，让五折药物中毒。事后峻轩发现五折死亡，因此一直感到不安内疚，要靠心理医生胡家琳（朱锐饰）的治疗才能稍稍平复。 大陆警察江子丹（化名子弹）（王阳饰）前来探望好友，发现五折服用过量毒品堕楼身亡。子弹对此大感诧异，认为这是不可能的事，决定要找出真相，以证好友的清白。没过多久，子弹发现五折的死与一个香港黑道社团经营的贩毒网络有关，该网络正与外国贩毒集团勾结，筹划开拓中国这个庞大的市场！于是立即联络香港警方，两地联合部署行动，要捣毁这个跨境的贩毒集团。
