青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
曾经，世界面临着被称为「邪龙」的邪恶存在所毁灭。 然而，一个勇者打败了邪龙，拯救了世界。 此后，已经过了将近200年的时间。 在众多的迷宫都市之一的马萨特，住着一个被称为「无能」的男人。 他叫劳斯特，职业是治愈师。 由于他的无能，劳斯特受到其他冒险者的蔑视、利用和抛弃。 他的日子就是这样日复一日的重复着。 某一天，一个少女出现在了劳斯特的面前。 她叫纳尔赛娜，职业是武道家。 纳尔赛娜对刚刚被队伍驱逐的劳斯特说： “哥哥，你愿意和我组队吗？” 如今，劳斯特和纳尔赛娜，两个人的冒险开始了。
“章总章总，有个大人物要见你。”正在埋头看文件的章雨抬头瞥了他一眼又低头，才悠悠地问，“哪个大人物要见我？”“顾东阳。”“哦，我还以为什么了不得的大人物呢。顾东阳，不认识。”章雨漫不经心的说。“我怎么说也跟你同在一个屋檐下住了无数个日夜，你居然说不认识我，是不是非得我做点什么你才能想起我是谁？”
绝大部分的故事都发生在美国一个名为小镇村（The City of Townsville）的都市，飞天小女警则是这座城市的保护者，举凡阻止银行抢案、火场救援、防止怪兽破坏城市等，都是她们的工作。 飞天小女警对付犯案者及怪兽毫不留情，几乎总是会狠狠的揍他们一顿，再把他们丢进监牢或交给警方。 飞天小女警有专属的热线电话，市政厅、小橡树幼稚园和基妮老师家里都设有分机。发生犯罪事件时通常是由市长打电话通知飞天小女警。飞天小女警的主旨是“英雄不是绝对的善，坏蛋也不是绝对的恶…因为每个人都有好的本性和坏的本性，只看你怎么选择。 结尾画面和结尾语亦为本作之特色，各故事皆有结尾画面和结尾语。大部分的结尾画面为飞天小女警三人，结尾语通常则是“一天又平安的过去了，感谢飞天小女警的努力！”但前两者并非每集皆一成不变；较可能出现的会是解决该集纷争最有助力的人、事、物，而也并非绝对单一个体（也可能复数）。
