神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
臭名远扬的圣手牧天侯突遭暗算，引发江湖震动。两位正直弟子郑东霆和祖悲秋(废柴兄弟)因此相识，为帮师弟祖悲秋找寻十年未见的妻子，也为找寻杀害师父的真凶，一个名捕头和一个富二代阴差阳错的组合共闯江湖，踏上千里送休书的冒险之旅。二人来到扬州洛家，却遭遇洛家灭门惨案并被误会为凶手，江湖称“中原双凶”。二人一个有武功不能用（郑东霆），一个有武功不会用（祖悲秋），师兄弟虽意图洗冤但江湖各派对其误会却不断加深，武林正道群起而攻之。历经漱玉楼大战，歙州夜战，聚义厅论战等险境，二人发现这是一个针对他们的大阴谋...... 郑东霆为维护江湖道义，在武林精英汇聚的洛阳论剑大会上，使出神剑满天星击败反派弓天影，郑东霆虽违背了不使用武功的承诺但获得江湖各派谅解。师兄弟二人论剑大会后，又踏上了西征天山，打败昆仑魔教督红花，为师父报仇的旅程......
李天辰事件告一段落后，时光照相馆恢复了表面的平静，然而夏斐失踪的消息再次将众人卷入了命运的交叉点。随着Vein的回归与乔苓超能力的觉醒，程小时和陆光逐步触及到Bahati火灾案的秘密，而程小时的父亲程伟民和母亲邵媛媛似乎也与之有千丝万缕的联系。随着调查深入，来自某个神秘组织的刘枭开始了他的行动，而英都警察Jae的干预也使这场追寻真相的行动充满变数。
十年前七形门传人岳斌因一场拳赛被绞断右手，从此永别拳坛。潦倒失意的岳斌只能浑浑度日，在收到青梅竹马订婚宴的通知，二人相认后岳斌为救钟灵被撞重伤，而钟灵被神秘面具男枪杀，带着愤怒和不甘，岳斌重生了，这一世岳斌会如何选择？
4000年前，出逃王宫的商朝王孙有莘不破救下太一宗弟子江离，两人结伴游荡荒原，入商队、遭异兽、遇天劫，属于少年的冒险正在展开。在他们的身后，王朝交替、山雨欲来，夏商之间爆发了一场有史以来最伟大的战争。命运的齿轮开始转动，那些天赋异禀的少年，早已身在局中。
