《熊熊乐园3》在原有寓教于乐、制作精良的基础上，加入了“毛毛父亲”等一系列新角色，亲子主题贯穿整体故事，进一步满足了粉丝全家其乐融融一起看的需求。
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了……
本部的故事不仅描绘了长城守卫军以及都护府的日常生活，还从不同阵营角色的视角来展现云中漠地的生活场景。不管是驻守边疆的长城守卫军，还是劫富济贫的马帮阵营，无论是家乡已荒芜一片的百年古人还是流浪在外的落魄王子，每个人都有自己要守护的那方天地，为了守护和平的生活，为了守护彼此的梦想，为了守护消逝的文化，为了守护家乡的人民……一个人的力量虽然有限，但守护彼此的信念却令他们无坚不摧。正是这份信念，让原本是陌生人的他们彼此欣赏，惺惺相惜，并收获了超越物质的“宝贵财富”。
地狱谷不知为何被水填满，水压过大挤破了岩层，让生活在地下世界的鬼族损失惨重。王子阿洛伊斯潜入地狱湖底探查，发现灾难的源头竟来自半个魔女脑袋的眼泪。为了将乱丢脑袋的魔女绳之以法，阿洛伊斯向地面出发了……
