黑教廷欲计划利用明珠主校区考核夺取莫凡身上的地圣泉。宇昂放出暗影妖兽的假消息设计莫凡，不料许昭霆却先落入埋伏。莫凡救下张璐璐，许昭霆却被与宇昂变成了黑畜妖，被迫向张璐璐动手。人性未泯的许昭霆提供了黑教廷蓝衣执事的线索。莫凡悲痛不已，决定先发制人。 莫凡将一滴地圣泉放在暗影妖兽体内，借此引蛇出洞，果不其然发现内鬼傅天明。众人不明真相，反而围攻莫凡。莫凡不慎掉入宇昂的陷阱，面对诅咒畜妖的攻击，却接到唐月命令要拖住宇昂的行动。原来蓝衣执事正在冒险逗留等待宇昂。再争取一些时间，审判员夜鹰就可实施抓捕。 拉锯战后，魔法阵消失，宇昂下令围绞莫凡。莫凡忍无可忍，释放玫炎气焰取得了胜利。宇昂见势逃离现场，身受重伤的莫凡却遭到了众人的污蔑。好在夜鹰及时出现真相大白。考核风波结束后，莫凡、赵满延等人被定为交换生，将去往帝都学府。两校展开切磋，莫凡展示出超强实力战胜穆宁雪...
本部的故事不仅描绘了长城守卫军以及都护府的日常生活，还从不同阵营角色的视角来展现云中漠地的生活场景。不管是驻守边疆的长城守卫军，还是劫富济贫的马帮阵营，无论是家乡已荒芜一片的百年古人还是流浪在外的落魄王子，每个人都有自己要守护的那方天地，为了守护和平的生活，为了守护彼此的梦想，为了守护消逝的文化，为了守护家乡的人民……一个人的力量虽然有限，但守护彼此的信念却令他们无坚不摧。正是这份信念，让原本是陌生人的他们彼此欣赏，惺惺相惜，并收获了超越物质的“宝贵财富”。
聂离以为银翼世家家主制药为由，带着司空易的亲信离开领地。领地外，聂离和段剑联手制服了他们后，回到银翼世家领地引爆炎爆铭文，被监禁的伙伴们和奴隶借机逃离。银翼世家受到重创，聂离一行人顺利回到光辉之城。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
