在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
人类在“生命之河”南方富饶的土地上繁衍生息了万年后，终于形成了统一的王国。又经历四个王朝的更替，处在蒸汽文明顶端的人类王国已经异常强大：由于“高燃度煤晶石”的发明，生物脑、机械人、蒸汽枪械，蒸汽车辆甚至带蒸汽辅助动力的重装甲相继出现。有限的领土已经无法满足人类的欲望，资源的枯竭成为进一步发展的掣肘，北方广阔的土地自然成为扩张的方向。 然而，北方的动物不知何时吃下了“智慧果实”，诞生智慧，自称“灵”。冒险深入北地的人类探险队在报告中曾经提到：“万里地，十亿灵”。在“灵”的眼中，连“智慧果实”为何物都不知道的人类根本算不上拥有“真正”的智慧，最多只能是“伪灵”。北方“灵”族很快以强大的实力压制了人类的扩张，战争逐渐进入僵持状态，持续不断的冲突几乎贯穿了双方的历史。 GD0113年，残酷的“红河之战”正在将大陆拖入另一个千年战争。突然降临的神秘势力插入战场...
漠北当下表面平静，实则暗中涌动。王后述里朵正筹划一场大会，不良帅为探查漠北动向带着一众不良人出现在漠北，以降臣为首的四大尸祖在此期间也来到漠北开了家古董羹店，而神秘的杀人凶手更弄得人心惶惶，几方势力各怀心思....
本作故事发生在架空修仙世界——云月大陆。 大陆鼎盛时期由浣溪沙、赤霞峰、风吟山庄、无尘岛、轩辕门五大宗门共同守护，仙道昌盛。可轩辕门宗主岳无疾为实现野望，掀起了一场灭世激战！其弟岳无病为阻止岳无疾，与岳无疾同归于尽。战后四大宗门休养生息、稳固秩序，历经两百年稳步发展，再度让云月大陆仙道复兴，重回昌盛格局，而浩劫遗留的隐秘机缘与潜在危机，也悄然埋藏于大陆之中，为后续剧情埋下伏笔。
