本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
霍雨浩结束交换生生活回到史莱克学院后，和贝贝、徐三石、和菜头等人一起参加了海神缘相亲大会，并在大会上与恢复女儿身的王冬儿相认定情。但没过多久，史莱克学院转来了一个和王冬儿长得一模一样的女孩——王秋儿。新一届全大陆高级魂师学院斗魂大赛在即，霍雨浩一行决定代表唐门出战
喜羊羊与灰太狼意外被带到了未来世界，为了回到自己的时空，二人与未来的小羊们收集分散的象星石碎片。但过程中，一神秘反派也派遣厉害的手下来抢夺碎片，于是双方势力开展了精彩纷呈的碎片争夺战。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
随着小众的怪兽电影日趋没落，痴迷于怪兽片类型的导演——蒙奇，也对一直以来的坚持产生了迷惘……却没想到，有朝一日虚构的怪物竟然真实出现在他面前。为了能实现愿望，蒙奇决定与魔族少女莉雅合作，帮助她拍摄以魔族为主题的电影。然而跟随着拍摄进程，蒙奇却发现，异界的一切竟都与自己息息相关……
相传，在大漠中有座彩砂镇，这里的建筑都涂抹着一种美丽而神秘的彩砂，这些彩砂五彩斑斓星光闪耀，同时还有一种强大的魔力，可以保护小镇在狂沙四起的大漠中屹立不倒。一天，雪王慕名而来，却发现这里风沙肆虐，空无一人……
一个正义与罪恶碰撞的世界！一个魔法与科学交织的次元！一位最强英雄的退休生活！
