《克拉波波利斯》以神话中的古希腊为背景，讲述了一个由人类、神和怪物组成的功能失调的家庭试图管理世界上第一批城市的故事——也就是说，他们没有试图杀死彼此。
哑舍里的古物，每一件都有着自己的故事，承载了许多年，无人倾听。因为，它们都不会说话……默然等待千年，只是为了在此刻相遇。从一个叫“哑舍”的古董店引出故事，讲述了店老板和一个暖男医生，从一个个背后赋写着离奇故事的古董开始，串联出两人长达千年之久的纠葛。哑舍古董店的老板高冷神秘，在纷杂的人世间不知道存在了多少年，在历史的长河中他一直在寻找当年追随的太子殿下
竹本武（水岛大宙 配音）是一个充满了正义感的普通少年。某一日，森林中的一个发光物体吸引了武的注意，随后，少女光（川澄绫子 配音）从光芒之中破茧而出。光的存在给武带来了许多的快乐，但她的神秘身世一直都像一道阴影一样投射在两人的生活中。 与此同时，一位名叫明（清水爱 配音）的少女和竹本武亲梅竹马的好友二之宫良（泷本富士子 配音）相遇了，就这样，天真善良的四人渡过了一段无忧无虑的时光。可是好景不长，原来，光是为了毁灭地球而被制造的武器，当暴虐的本性无法再隐藏之时，明和武不得不为了保护地球而站在了光的对立面。一边是世界的和平，一边是自己心爱的女孩，武会做出怎样的选择呢？
