在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事发生在未来都市丰都特别经济区，这里是全球最大的义体制造、器官金融和神经数据产业中心。穷人贷款安装义体继续工作，富人更换身体延长寿命，公司则用债务合同绑定人的器官、记忆和身份。城市中频繁出现“义体精神病”事件：有人剥皮换脸，有人吞食记忆，有人死后仍靠义体行动。官方解释为非法改装导致的神经崩溃，但真相是：古老异常存在正在借助义体、仿生皮肤、脑机接口和公司系统重返人间。主角陆烬意外接入一枚神秘心泵“判心”。它的真实身份是钟馗型残甲核心，能展开鬼甲、判眼、斩鬼剑，最终形成完整赛博钟馗形态。但每次觉醒，陆烬都会失去一部分身体和灵魂。
大学生楚寒误入废土神选游戏，新手保护期即将结束，他急中生智假扮神明“太初之主”蒙混过关。凭借推理之眼解析万物，他借众神之力白嫖资源、智斗敌人，从破败礼拜堂起家，逐步收编信徒、打造浮空要塞。随着“众神养。
