灾难后的星球上，少年夜雨为追求梦想，奔赴余烬城考核。他面临重重杀机与谜团，而背后的真相扑朔迷离。
三千年前进入末法时代，天庭诸神迁徙异世，诸神只留残魂法身留世，唯有上古三皇大圣才能唤醒诸神，在此背景下的现代社会，李长（太白金星）收养了女娲转世的普通少女风小小并在其20岁时唤醒其原神，希望风小小可以唤醒诸神，帮助众神的法身重修，再振天庭。受经济压力所迫，风小小不得不答应。在遇见了首富之子杨砚并用符箓唤醒其二郎神的原神之后，两人抱着寻找同事、无法阻止以及有热闹不凑白不凑的心态，在以杨砚与李长为风小小所开设的陶艺吧为中心地点，在需要隐藏的神话身份不断与现实生活的碰撞的前提下，不光有因诸神法身陆续出现而惹出一系列的麻烦事，也有因与现实生活交集而导致的一系列冲突事件，开启了一行人等不一样的奇幻之旅。
家破人亡的落魄公主李长歌踏上复仇之路。
在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
