在人与动物和谐共处的街道“动物镇（アニマルタウン）”，最喜欢动物的彩羽（いろは）和她的宠物狗小麦（こむぎ）是要好的朋友！ 某天，谜之生物焦躁怪（ガルガル）在街上大暴走！但是，小麦为了保护彩羽变成了人的模样，变身成了Precure...！？ 必须要帮助内心焦躁的孩子！齐心协力将动物们送回微笑花园（ニコガーデン）吧！ 没关系，让我听听你的声音吧！
被称为第一废物的吴燃在一次战斗重伤中偶然激活乾坤之宝圣魂骰子系统，获得了奇异古怪的神骰技能，解救了小师叔，打败了女修仙者霓纱，但是没有想到女修仙者霓纱对他有了爱慕之心。并且要把吴燃抓回宗门。女修仙者霓纱联合白龙王，一同进攻地球城池，想要获得乾坤之宝。最终，吴燃打败了霓纱，守护地球城池。
黑暗梦魇，有增无减。务必认清，敌人的真面目……
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
