在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
故事发生在未来都市丰都特别经济区，这里是全球最大的义体制造、器官金融和神经数据产业中心。穷人贷款安装义体继续工作，富人更换身体延长寿命，公司则用债务合同绑定人的器官、记忆和身份。城市中频繁出现“义体精神病”事件：有人剥皮换脸，有人吞食记忆，有人死后仍靠义体行动。官方解释为非法改装导致的神经崩溃，但真相是：古老异常存在正在借助义体、仿生皮肤、脑机接口和公司系统重返人间。主角陆烬意外接入一枚神秘心泵“判心”。它的真实身份是钟馗型残甲核心，能展开鬼甲、判眼、斩鬼剑，最终形成完整赛博钟馗形态。但每次觉醒，陆烬都会失去一部分身体和灵魂。
当游戏策划江城突然被拉进自己精心打造的数字世界时，他原本以为能在这片熟悉的地方游刃有余。然而，令他震惊的是，游戏中强大无比的魔王苏夜不知为何竟然觉醒了自我意识。苏夜不把江城当成主人，而是当成一个残忍创造了自己、随后又将自己抛弃在命定暴力生活中的神。为了逃回现实世界，江城被迫与苏夜结盟，踏上了一连串充满险阻的隐藏任务。然而，当现实与模拟之间的边界彻底消融时，真正的真相才浮出水面。江城发现自己的存在也不过是另一层复杂的代码，他意识到在一个庞大且层层叠叠的系统之中，他和苏夜是平等的。他们能否共同找到彼此存在的真正意义？
拥有武道起源功法九天玄帝诀的王凡，本是黄金学院的一名普通学员，为给兄长复仇，而戴上了银色虎王面具，从此世间多出一位威慑天下的银虎王！我叫王凡，王者的王，平凡的凡。戴上面具，我是王者银虎王。摘下面具，我是平凡的王凡。
