数百年前，一场突如其来的陨石群撞击，让整个世界崩塌成两片彼此共生又绝对隔离的大陆。为了拯救危在旦夕的人类文明，数百位以罗森博格为首的原大陆科学家，集诸国之力研发出一种新型能源供给装置（卡片）。主人公陈暮从一个弱小无助、贫苦无依的困顿少年，在经历了一连串充满挣扎与磨难的冒险之后，没有放弃与退缩，依然靠着善良包容的天性、自身的卓绝努力与周围亲朋好友的热情相助，最终突破重重障碍，成长为一个正义凛然、以德服人、能力出众的正面领袖的故事。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
在秋天的森林里熊大熊二和光头强之间发生的和秋季有关的系列故事，如赏红枫、处理落叶、森林防火等，为了阻止光头强破坏森林，保卫自己的家园，以熊大熊二为首的丛林动物们和光头强继续展开保卫森林的斗争
上一季悟空在引路人的指引下渡过遗忘之桥，即将转世重生，另一边的西行小队面对蜂拥而至的小妖，白狼释放出龙魂与兽魂守护着身后的小羽，他凭借强大的力量暂时抵御了小妖的进攻。
麻木无聊的上班族门珂，因为意外面临“无聊就会死”的状况，在外星人亚森的帮助下展开自救．
以阿鲁鲁为首的始源星族，自称是奇轮星和奇轮战士的主人，奇轮王烈焰被擒获，并被强行给予神兽轮，变成只懂破坏的工具。失控烈焰在地球大肆破坏，但在小萨儿子小吉爱的呼唤下恢复清醒，并吸收神兽轮的力量，升级为全新形态。此时小萨因调查事件真相，将烈焰交托给小吉后独自离开。小吉、烈焰为了拯救奇轮星，参加地球奇轮选拔赛。
大辰国帝后因意外互换了身份，原本两看生厌的人却因为互换体会到了彼此的难处。在互换的过程中，逐渐开始互相理解、互相信任。在边疆告急的危机关头，萧锦昀（实际为徐钰）为平定边境御驾亲征，最终凯旋而归。就在帝后二人克服万难顺利换回身体之后，鞑靼女王却突然入宫。与此同时，朝野之中，三王爷想要夺权的心思昭然若揭......
