因儿时的一场误会而分道扬镳的姚灵与胡小臻，长大后在学院中再次重逢。痴情女主希望与男主续写甜蜜之旅，却因神秘管理员——马神的出现，“意外”频发。在马神的设计引诱下，二人成为了代理管理员，以帮助灵体达成夙愿为条件，来延续他们的爱情修行。通过一次次任务的历练，胡、姚二人感情日渐深厚，向着正果之路进发。但马神的真实目的逐渐牵连出世界背后的运转法则，越来越多的神秘和危险横亘在男女主之间。
上一季悟空在引路人的指引下渡过遗忘之桥，即将转世重生，另一边的西行小队面对蜂拥而至的小妖，白狼释放出龙魂与兽魂守护着身后的小羽，他凭借强大的力量暂时抵御了小妖的进攻。
赤焰锦衣卫秦鹄与其同伴以“天子守社稷，锦衣卫江山，侠骨藏江湖，百死不留名”为信仰，为守护江山社稷勇斗叛乱势力的壮义之举。既有锦衣卫守护江山安宁的责任感，又有江湖儿女的侠义之心。一向顺风顺水放荡不羁的秦鹄，却因调查一庄离奇杀人案件而逐渐卷入一场关乎于天下苍生的惊天大阴谋中，同时也揭开了自己埋藏二十多年的身世之谜。在一次次凶险万分的案件调查中，敌人的威胁、同僚的背叛、伙伴的猜忌都没有湮灭秦鹄的正义之志。最终他的人格魅力感染了伙伴，众人排除万难、不畏强权，只为给逝去的无辜生命讨一个公道、只为还天下一个太平、只为保江山一个永驻、只为对得起赤焰锦衣卫这一个百姓信赖的名号，齐心协力挫败了幕后黑手扰乱天下的阴谋。
第四季《万古仙穹4：银月城篇》接替上季内容，讲述了娲后三魂仅需找到最后一魂便可重生，古海为救小柔，前去银月城阻止大明王神寻到最后一魂。可银月城内却是更加艰险万分，古海将要面对新的挑战。
