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高中一年级学生·夜科扬羽，某天捡到了被遗弃在公共电话亭里的“红色电话卡”。 几天后，持有相同电话卡的青梅竹马兼同学·雨宫樱子失去了踪影。 为了寻找她，扬羽联系了传闻中在全国范围内制造连续“神隐”失踪事件的黑幕——“秘密结社PSYREN”。 随后，一场赌上性命的游戏开始了——
那些曾被视为谣言的“都市传说”，正一个接一个地化为现实……头戴红色兜帽的少年千野不思议，为了将实体化的都市传说收进自己的手账，正四处旅行。他的目标是要抓住那位能让都市传说具现化的少女——秘密。不思议与搭档人面犬吉米一起，不断挑战接踵而至的灵异现象，逐步逼近秘密的所在。少年少女的追逐戏码，最终将走向何方？
