在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
小师爷生长在江南古镇绍兴，在东方文化和老师爷的熏陶下，他立志做一名顶天立地，为国为民的大师爷。绍兴城中突发了几起盗窃案，并且作案手段一致。全是利用神仙粉使人神智不清，盗取钱财。因为受害者都不记得之前的事，小师爷只能地毯式搜索查找线索。查到孙氏米粮店时，孙不出的古怪行为引起了小师爷的注意。
顶级武者步惊云与聂风，为了应对一场将要席卷整个人间的浩劫，在无名前辈和神秘天外来客的帮助下变成量子态后，下落不明。三千年后，一颗小行星撞击地球，地表成为一片荒蛮的废土。 被困在地下的人类，逐渐发现在人体内存在著名为"脉能"的超能力量。 来自32号地下城的孤儿步天云，意外唤醒了沉睡在陨铁之中的步惊云，从此发现了自己体内的“脉能”潜力，并与聂风传人聂子风一起，走上了成为“脉能武者”的历练之路，为守护世界而战。
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
中国古典神话传说中的“著名”精怪是如何在现代社会生存下去，他们成为了我们身边有着神仙特色的宅女、暖男、上班族、犬系男友，他们上演着生活中搞笑而怪诞的小故事，关乎快乐、关乎友情，在我们平凡、忙碌的日常构建了不可思议的二次元神仙幻境。
罗刹街镇魂将曹焱兵和寄灵人夏玲踏上修复灵槐之路，羽林街镇魂将南御夫却受命缉拿曹焱兵，恰有菩提街镇魂将北落师门出面平息事态。但南御夫心怀鬼胎，北落师门与女孩水儿也暗藏秘密，曹焱兵和夏玲又将如何应对。菩提树下，三方命运交结，最终会涌至何处？
