在某个古老村落的遗址深处，那一片禁止入内的区域里，存在着被口口相传为“窥之生厄、亵之招祟”的“不可触碰之物”。世代担任山神守护的三十木谷家的孩子——日向和薰，在一个暴风雨之夜靠近深山，遭遇了被称为屋。
在里加甸魔法学院学习的威尔?赛尔佛特，是个无法使用魔法、所有「术科」学分通通得不到的「无能者」；但他却靠着「学科」的学分努力升上魔法学院的最高年级──驱使他这么做的，是小时候跟初恋对象爱尔法莉亚的约定！在这受到「大结界」保护的世界中，没有人亲眼看过「天空」，因此年幼的他们约定好要一起爬到魔法师之塔的顶端看真正的夕阳……为了追上成为「至高五杖」的爱尔法莉亚，天生的「战士」威尔只能拚了命地往上爬！
新星历时代，星际联盟建立“伊甸园”系统，此后，人类自出生起便能远离一切痛苦烦恼。不幸的是，八大星系中仍有1%的人口无法接入“伊甸园”，他们被放逐到第八星系，成了人们口中的“残次品”。其时，联盟上将林静恒被人陷害，颠沛流离至第八星系，与满怀教育理想的青年陆必行相识。然而，生活看似平静，却暗流汹涌。联盟倾覆，海盗横行，二人只得带领“残次品”们展开星际冒险，揭开层层谜团。
第四季《万古仙穹4：银月城篇》接替上季内容，讲述了娲后三魂仅需找到最后一魂便可重生，古海为救小柔，前去银月城阻止大明王神寻到最后一魂。可银月城内却是更加艰险万分，古海将要面对新的挑战。
