二十年前，世界各地突然出现了为数众多的“灵墟大门”，从中喷涌而出的灵气会让接触到的人觉醒异能。这些觉醒了异能的人，被称之为“灵武者”。与这其中，“空间系”灵武者因为在“兽潮劫难”的突出表现以及其觉醒人数的稀少，成为了最强的代名词。江南在灵州江城的孤儿院长大，从小立志成为最顶级的灵武者，十六岁的他觉醒了最强且最稀有的空间系异能，成为灵洲第二个空间系异能者。本作品的故事就从这里开始……
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
曹焱兵一行因芦花古楼的覆灭被皇甫龙斗领导的天罡龙棋将栽赃嫁祸，全员受到灵域的通缉，在经过“天武街”和“风雷街”时，他们分别遭遇了王国组织的第三骑士红莲与第十骑士凯米拉。其后，曹焱兵为探寻母亲下落，故意被缉拿至由群英殿镇守的死牢“千机黑刹”。而其伙伴们为救曹焱兵，在多方驰援下，各方势力齐聚群英殿，展开了一场精彩绝伦的群英荟萃之战。
汉明帝授史家后裔班超青铜燕符，让他出使西域，寻找长生之法和梦中金佛。班超探寻隐匿于京城的高手，墨家传人、盗门后人，夜郎蛊师等三十六人同行。除却完成皇帝心愿，还为了寻求史家渊源以及陷害自己父亲的凶手。
灰太狼受神秘人袭击后被抓走，小羊们根据蛛丝马迹将他寻回，却发现灰太狼眼神变得空洞呆滞，疑似大脑受到损伤。为解救同伴，喜羊羊带着伙伴们借助灰太狼发明的“脑波机”进入到灰太狼的大脑世界，他们在脑海里一个个光怪陆离的区域中历险，同时也认识到很多新的朋友，帮助他们探求真相找寻让灰太狼恢复正常的方法。大家历尽艰险眼看真相快要浮出水面了，不料灰太狼突然陷入昏迷，更大的危机正步步逼近……
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
