神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
新星历时代，星际联盟建立“伊甸园”系统，此后，人类自出生起便能远离一切痛苦烦恼。不幸的是，八大星系中仍有1%的人口无法接入“伊甸园”，他们被放逐到第八星系，成了人们口中的“残次品”。其时，联盟上将林静恒被人陷害，颠沛流离至第八星系，与满怀教育理想的青年陆必行相识。然而，生活看似平静，却暗流汹涌。联盟倾覆，海盗横行，二人只得带领“残次品”们展开星际冒险，揭开层层谜团。
“天下第一智”罗霄与“富贵世子爷”严安承携手闯荡江湖，寻找传说中“紫溟天阶”的线索，过程中，破获诸多离奇案件，逐渐摸索出一个鲜为人知的阴谋....
谢看花即将被上林天宫处决，在苏白衣一行人援救过程中，上林天宫解体，苏白衣被幽狱中自困二十年的魔君苏戬带走。轩唯城英雄大会再度召开，白极乐以“天地同悲”面具引诱天下第二高手薛神官前往，江湖大乱。苏白衣为救负伤的南宫夕儿，与苏戬去往北昆仑求见苏家老祖苏锁莫，谢羽灵、风左君则纷纷前往青城山和恶魔城学习武艺。暗流涌动中，瀛洲仙岛再现，瀛洲来客向武林人士发下挑衅，顺者昌、逆者亡......
