神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
这一年是2052年，一个前所未有的和平与繁荣的时代遍布全球。原因是:人类已经从疾病和痛苦中解脱出来了。诺贝尔奖得主神经科学家斯金纳博士发明了一种神奇的万灵药，没有明显的缺陷，叫做Hapuna。 哈普纳很快变得无处不在……而且必不可少。然而，在Hapuna正式推出后不久，斯金纳博士就消失了。 三年后，世界又向前发展了。但斯金纳博士回来了——这一次，他是末日的先兆。斯金纳宣布哈普纳的半衰期很短。所有服用该药的人大约三年后都会死去。死亡即将降临这个罪恶的世界，而且很快就会降临。 为了应对这一威胁，一个由5名特工组成的特别任务小组从世界各地聚集起来，从斯金纳的计划中拯救人类。这群人被称为“拉撒路”。他们能在时间耗尽之前找到斯金纳博士并研制出疫苗吗?
拥有独树一帜力量的战争之神——格雷。某一天，他一如往常地进入梦乡，醒来后却来到了充满各种魔法和怪物的新世界，转生成一位叫做「亚瑟」的孩子。无法追查上辈子死亡的真相，但比起活在过去，他不断努力适应这全新的生活。随着年龄的增长，亚瑟的能力也渐渐觉醒，并开启了与新伙伴的冒险…！
解开封印的绝世王者古玄尘，终于踏上了修行之途，在不断修炼变强的途中，他也了解到自己真正的身世，面对残酷的真相，古玄尘并不怨天尤人，他只愿以手中剑破除世间一切不公不义！他来到更广阔的世界，面对更强的敌人，演绎更辉煌的热血传奇！
