凭借魄力和勇气，凡体少年萧云在顿悟系统的帮助下，参加神体大能争夺大帝资格的战斗。可是，百万年前的大帝为何认识他！？未来的他为何留下笔记！？顿悟系统的真正来历又是如何！？所有平行世界将面临巨大危机，唯一拯救者是被众神召唤而来的地球少年！
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
这是一个叫做“馒头”的孤儿寻找幸福的故事。天真善良的“馒头”，表面上坚强乐观而内心深处却很寂寞的“馒头”，没有父母、比别的孩子更渴望爱的“馒头”，没有朋友却渴望一段真挚友情的“馒头”……
这一次也带来了新的主题与新的恐怖演出，充满了令人脊背发凉的故事。负责演唱片尾主题曲的二人歌谣组合“风轮”也会以声优的身份参加，成为本季的一大亮点。又出现在孩子们面前的令人毛骨悚然的纸芝居艺人大叔，这次带来的令人身心冻结的恐怖纸芝居，主题是“决”。描绘着与“决”相关的奇妙都市传说，以及遭遇了谁都没有见过的怪奇现象的人们的身姿的壮烈故事被编织了出来。
身为古神的叶辰从神境世界陨落到了苍蓝世界，这里百州千国林立，豪强争霸，叶辰在这个苍蓝世界呆了数百年，建立了庞大的势力。在百州千国，叶辰的存在一直都是一个传说。但是来自神境世界的力量慢慢地延伸到了苍蓝世界，一场残酷的龙争虎斗即将开展。南州都城，天北国第一战将洪旭与南州双月门门主武隆二人在花神宫外比武，却不料败在花神宫丫鬟组小组长苏小小的手中，众人震惊。北狄大军出现在了南州东部，欲破南州。守将不顾南州百姓安危与斩风的劝阻，打算打开城门投降。花神宫宫主澹台月及时出现，以将北狄灭国为威胁，逼退率领北狄大军的雷帅。苏小小让武隆和斩风前往花神宫外门打杂。为了阻止战争的爆发，叶辰孤身一人前往北狄的途中，遇到了圣女——慕清雪跟他的随从。数百之多的北狄狼骑突然出现，将他们的去路完全封死。叶辰出手，打败了北狄的将军和狼骑，救下了慕清雪一行人。漫山遍野的火焰将他们包围在了雪地之中。叶辰急忙逃离，顺便带走了慕清雪。北狄国主托尔克汗为了花神宫一事，前往神冢祭坛，寻求老国师的帮助。老国师令托尔克汗持他的信笺，前往昊天宗，请昊天宗宗主出山。慕清雪回到了自己的家园当中，却发现自己的家园已经被摧毁。叶辰将慕清雪带入了先祖古墓之中。叶辰与慕清雪二人在洞穴之内发现了一艘拥有智慧的远古飞船——若琪。安琪和若琪在穿梭暗域世界的时候，被噬灵偷袭，生死不明。只有找到七份生命契约，这样才能让安琪复活。叶辰使用空间神力救助了大祭司。昊天宗等人闯入月影山庄，将一众花神宫的子弟杀害。苏小小出手，将昊天宗的执事打倒在地。谛听与苏小小等人对战。苏小小打算带上门人后撤。一路追踪苏小小等人的谛听，遇上了叶辰，反被打败。昊天宗毁了叶辰的月影山庄之后，手下死伤惨重。澹台月展开反击，不惜动用炼魂碎魄大阵，叶辰出手，将昊天宗宗主严鸿击败。而后叶辰才得知，昊天宗的幕后黑手其实是风雪女神安雪。叶辰和他的朋友们跟安雪斗智斗勇，并最终拯救了整个世界。
