为了变强在之后的族比中击败林琅天，林动、小貂和小炎一同踏上修行之路，一路上惊险不断。在小貂的指引下，林动最终来到大荒古碑，成功获得了吞噬祖符的线索，并且在林琅天和众多强者的角逐下成功获得造化武学，大荒囚天指！
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
在《纳米核心》的里世界中，各位主角配角以及龙套们，都要在“纳米学院”中学习生活。大家在这个世界不那么认真地上课、考试、过着奇奇怪怪的校园日常，并不正经地保护着这个世界，以及不停地用各自的方式向大家“表示友好”。
