在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
宇宙流浪汉李约素无意中发现了多年前失踪的移民飞船“上佳”号，并目睹了令人惊惧的异常现象……人们逐渐发觉了正在逼近人类的巨大危险，几经周折最终科尼尔星域各方势力不得不合力应对强敌。孰料，异族的强大超乎想象，科尼尔星域人类在全军覆没之际，只得派出李约素向银河之心的强大人类文明求救……
鬼厉为终结兽神威胁前往镇魔古洞，与陆雪琪联手战胜兽神。鬼王捕获饕餮，与鬼厉反目，两人激战遭幽姬劝止。此时道玄、田不易失踪，鬼厉在义庄与恩师重逢，鬼厉、田不易、陆雪琪三人与入魔道玄大战一场，最终田不易身死。四灵血阵大成，鬼王融合明王之力，攻上青云。危难之际，鬼厉执掌诛仙剑与鬼王殊死一战，拯救苍生。多年后，陆雪琪与隐居草庙村的张小凡重逢。
本作故事发生在架空修仙世界——云月大陆。 大陆鼎盛时期由浣溪沙、赤霞峰、风吟山庄、无尘岛、轩辕门五大宗门共同守护，仙道昌盛。可轩辕门宗主岳无疾为实现野望，掀起了一场灭世激战！其弟岳无病为阻止岳无疾，与岳无疾同归于尽。战后四大宗门休养生息、稳固秩序，历经两百年稳步发展，再度让云月大陆仙道复兴，重回昌盛格局，而浩劫遗留的隐秘机缘与潜在危机，也悄然埋藏于大陆之中，为后续剧情埋下伏笔。
每12年一次的终焉盛典，底层人只是权贵的猎物。外卖员林野在虐杀中重启轮回，带着父亲遗留的神秘AI“大圣”和一辆破电动车杀回猎场。别人带S级机甲入局，他骑外卖车就够了——因为“天命02”是全环域最强神装。这一次，猎物变猎手，他要亲手撕碎升神骗局！
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了……
