曾经蓝地星最耀眼的第一宗门星辰宗，意外得到了万界至宝“星辰图”，引来了万界之主的窥视，万界之主为了得到星辰图，诱导星辰宗内的高层前往圣星域，并将他们囚禁在“圣星域”当中。星辰宗只剩下了一个护宗长老诸葛浩瀚以及年少宗主楚星河和几个名年少弟子，因实力不足受到了其他宗门压制，被鹰帮的人夺走了宗门之地，少宗主楚星河为了重新夺回曾经的荣耀，寻找被囚禁的父亲和星辰宗的高层，带领门下几位弟子，连闯十二座星界，打败万界之主的手下十二尊星魂强者，最终也从万界之主救回其父亲和星辰宗所有人。
本剧讲述超级飞侠与超级宠物们乘着迷你基地前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题的故事。如在冰岛海域，他们通过声波探测设备，帮助海豚宝宝找到了海豚妈妈；在喜马拉雅山脉附近，他们把快要滚下山坡的小男孩基玛和爸爸以及巨雪人宝宝安全救下。尽管困难不断，但超级飞侠和超级宠物们每次都会带着炫酷的装备，圆满地解决问题。
解开封印的绝世王者古玄尘，终于踏上了修行之途，在不断修炼变强的途中，他也了解到自己真正的身世，面对残酷的真相，古玄尘并不怨天尤人，他只愿以手中剑破除世间一切不公不义！他来到更广阔的世界，面对更强的敌人，演绎更辉煌的热血传奇！
江湖新手逍遥生、剑侠客除去了为祸长安的食婴鬼，却因此陷入了更大的谜团。他们为此前往遥远的灵兽村，一路上结识了魔族少女狐美人、骨精灵和各色江湖人士，收获了成长和情谊，却也被卷入了更大的危机。该动画将融合武侠、玄幻、热血、历险、等元素，向观众呈现一段跌宕起伏的江湖传奇故事！
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
乱世之下，妖祟横生，奸佞当道。又值幽界入侵，人、幽两界势力荼毒人间，捕蛇者许应因看不惯为幽界卖命的草头神欺压百姓，反抗犯下弑神之罪，又出手打死了不作为的朝廷官员，遭两界势力追杀，开启了逃亡的生涯。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
