《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
鬼医桃夭，善恶如谜。金铃过处，片甲不留。讲百种妖怪，述世间沧桑。她是所有妖怪的救星，也是所有妖怪的噩梦。她带着磨牙小和尚行走江湖，也是鬼医桃夭。桃都鬼医桃夭只治妖怪不治人，她带着小和尚磨牙一起云游四方，顺道给各路妖怪治病。磨牙的跟班狐狸滚滚，加上她们的老邻居蛇妖柳公子，也先后加入结伴而行，在这妖怪横行、惊险重重，却又让人眷念的人间大显神通，为周围的妖怪治疗各种疑难杂症，也为这些妖怪周围的人类排忧解难。桃夭、磨牙和柳公子之间的关系不显山不露水，更多稀奇古怪的问题等着这个小团队一起去探索解决。冰山的一角...
被称为第一废物的吴燃在一次战斗重伤中偶然激活乾坤之宝圣魂骰子系统，获得了奇异古怪的神骰技能，解救了小师叔，打败了女修仙者霓纱，但是没有想到女修仙者霓纱对他有了爱慕之心。并且要把吴燃抓回宗门。女修仙者霓纱联合白龙王，一同进攻地球城池，想要获得乾坤之宝。最终，吴燃打败了霓纱，守护地球城池。
陈星乃东阳城陈家少主，父母双亡，本可在成年时继任家主之位，却被野心勃勃的代家主陈盛，设计暗害打算鸠占鹊巢。谁承想陈星大难不死，意外获得失传已久的至高功法《太古星神诀》，并学会了部分招式，强势归来，揭穿陈盛丑恶嘴脸，将其关押入牢。此事暂了，陈星未雨绸缪，仔细研究《太古星神诀》，搜罗功法所需星兽，快速成长。期间，陈星因一只星兽，救下玄阳宫宫主之女穆青岚，并在其建议下，历尽千辛拜入玄阳宫。然而刚入门，陈星就和副宗主之子剑飞空，争端不断。
