本季延续《西行纪》前一季剧情，讲述了唐三藏与师徒四人取得奇经交予天宫的十六年后，为了心中正义，再次集结成“西行小队”，重新踏上“还经”之路的故事。
方寒与同伴前往归虚历练，一路上战天魔、斩神族，又因挑战仙道魁首太一门的权威被逼入太元仙府，反而因祸得福，修为大涨。逃脱生天之后的方寒恪守本心，护持同门，继续谱写属于自己的热血传说。
天地分为上古大荒与现世人间两界，由太极壁垒相隔，域外虚无异境滋生侵蚀神魂、扰乱秩序的暗紫色暗力；天地遴选十二山海神兽为十二秩序祀神，各携本命宿命玉佩身负镇守两界、稳固壁垒、封印异境裂隙的天命，却因两界崩塌意外坠落现世人间，记忆散落、身份隐于市井；反派夜幕组织膜拜异境暗力，妄图搜罗上古符文与十二玉佩，撕裂两界壁垒、借暗力掌控天地，还暗中渗透圣庙与人间势力布设内鬼危机；十二神兽在现世陆续觉醒，一边集结同伴、寻找远古符文下落，一边对抗夜幕阴谋、净化人间暗力、压制异境裂隙，他们心怀守护苍生之志，平定暗乱、封印裂隙、重塑天地规则，最终舍弃重返破败大荒的执念，集齐十二宿命玉佩永久加固封印两界壁垒，留守现世人间，世代镇守天地平衡，成为守护人间安稳的十二秩序者。
少年棋手江流儿在动荡的架空大明王朝中，为了国家的稳定、为了百姓免受战争的蹂躏，以围棋棋手的身份参与到大明皇帝和幽王争夺天下的殊死决战之中。整部动画以明朝棋坛和武林为大背景，用夸张的动画元素展现大明棋手和武者们在围棋场上、武林场上坚韧不拔的拼搏精神。
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了……
三年前，云岚宗少宗主纳兰嫣然贸然退婚，倍感耻辱的萧炎遂与纳兰嫣然定下三年之约。为了这个约定，萧炎一直修炼不息，从魔兽山脉到塔戈尔沙漠的历练，从炼丹到吞噬异火的焚身之痛，都为证明那句话：“三十年河东，三十年河西，莫欺少年穷”。如今，萧家男儿必将迎难而上，永不退缩，萧炎的成长之路仍在继续……
