在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
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回到神秘侏罗纪，星猫教小朋友恐龙知识和勇敢精神。 黑魔王的元神从封印下逃脱，为了吸取足够的生命能源，黑魔王带领黑魔族小怪，来到地球上恐龙繁荣的侏罗纪，企图通过吸取恐龙身上的生命能源，强大自己的能量，让真身解封，统治宇宙。星猫与12星球战士及时降临，奋力阻止。当12星球战士对恐龙不了解时，星猫就会变成一个老师，手里拿着星杖，幽默的讲解恐龙知识，达到寓才于乐的目的。
帕德公爵和安的双亲为了保护圣灵之冠与盗冠者玛蒙展开大战。为了彻底打败强大的玛蒙，安的双亲选择把他逼进黑暗空间，由帕德公爵负责封印时空之门，同时也封印了安。安历经艰辛终于战胜了他的影子，并达到天人合一的境界。为了阻止重返世间的黑暗之子玛蒙，安在伙伴们的帮助下一起向黑暗之神玛蒙发起战斗，欲夺回圣灵之冠……
