本作故事发生在架空修仙世界——云月大陆。 大陆鼎盛时期由浣溪沙、赤霞峰、风吟山庄、无尘岛、轩辕门五大宗门共同守护，仙道昌盛。可轩辕门宗主岳无疾为实现野望，掀起了一场灭世激战！其弟岳无病为阻止岳无疾，与岳无疾同归于尽。战后四大宗门休养生息、稳固秩序，历经两百年稳步发展，再度让云月大陆仙道复兴，重回昌盛格局，而浩劫遗留的隐秘机缘与潜在危机，也悄然埋藏于大陆之中，为后续剧情埋下伏笔。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。 而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
阳府家主的孙子阳辰，本因迟迟未觉醒道魂被府内族人嘲笑。在绝望之时，突破自身觉醒道魂和器灵皇宇 ，并察觉到以叔叔为首的众人逼迫爷爷让出家主之位。此后阳辰决心提升自己的实力以保护家人，只身前往幽云山寻药。最终破除众人阴谋，守住家主之位。
天启元年，机关盛行，新旧党派，争权谋乱。齐南府秀才沈问，擅木工机巧之术，某日在路上无意间卷入一起皇宫秘宝失窃案，由此结识了锦衣卫总旗沐思卿。沈问发现锦衣卫寻找的秘宝竟然是当年导致他满门被灭的六合兽图，六合兽图内有皇朝隐秘，为了寻找灭门仇人以及解开六合兽图的秘密，沈问决定暗中布局混入北镇抚司寻找当年真相。
李天辰事件告一段落后，时光照相馆恢复了表面的平静，然而夏斐失踪的消息再次将众人卷入了命运的交叉点。随着Vein的回归与乔苓超能力的觉醒，程小时和陆光逐步触及到Bahati火灾案的秘密，而程小时的父亲程伟民和母亲邵媛媛似乎也与之有千丝万缕的联系。随着调查深入，来自某个神秘组织的刘枭开始了他的行动，而英都警察Jae的干预也使这场追寻真相的行动充满变数。
乡村平凡少年王林，为了心中不屈的信念踏入仙门修行，克服天资不足的困境，逆流而上，积极面对苦难与挑战，不断突破自我，最终将命运始终牢牢地把握在自己手中！
