四大家族之一的金虎堡堡主在一次押镖途中，被四名蒙面和尚劫杀。叶青花被怀疑与此案有关，游侠雷迅助友洗脱嫌疑，竟卷入奇案，三闯少林找出四名和尚，当众伏法，以为真相大白；岂料，四名和尚又到处杀人，雷迅才知道被人利用，引发连场打斗。

水师提督顾长风（于荣光饰）奉朝廷之命带领西班牙舰队探访黑木崖，过程中西班牙领队欲打开东方不败的棺木与视东方不败为偶像的顾长风发生争执。正在此时黑木崖上忽然现身一怪人（刘洵饰），可以以掌接西班牙火枪子弹。顾长风被怪人所救，却身受内伤，坚信其便是东方不败，坚持要一见其真面目 ，虽死无憾。怪人一偿所愿，让其看自己的庐山真面目，正是当年风采依旧的东方不败（林青霞饰）。顾长风告诉东方不败江湖上有很多人正在冒充他的名号为非作歹，东方不败于是决定留其性命，让他看着自己重出江湖。与此同时，东方不败旧时爱妾雪千寻（王祖贤饰）正率领着一群苗人打着东方不败的旗号与日本倭寇就海域问题谈判，雪千寻痴心不改，重组神教只是为了等待爱人归来......

宦官弄权的明朝末年，苛税与暴政弄得民不聊生。张君宝（李连杰）与董天宝（钱小豪）是一对自幼在少林寺长大的师兄弟，但两人性格迥异，张君宝善良忠厚，董天宝则狡猾阴险，在争夺进入达摩院修行的资格时，两人因与师伯发生争执，被逐出少林。　　出寺后，两人因志向渐不同而分道扬镳，董天宝贪图荣华参军，张君宝则与一群仁人志士一起劫富济贫。为求高官，董天宝向大宦官刘瑾出卖大批旧友，一时间血流成河。为替义士报仇，也为帮民除害，张君宝在秋雪（杨紫琼）的帮助下，从其师傅的气功心法中悟出一套武林奇功“太极拳”，开始勤加练习，准备不日与敌手来场血战。

明中叶，东西两厂明争暗斗不断。东厂曹公公手下养了三大高手，分别是孟星魂（梁朝伟饰）、高老大（杨紫琼饰）、叶翔（甄子丹饰）三大高手，亦有小王爷（林志颖饰）帮忙。高老大经营快活林，孟星魂与叶翔皆是其从小养大的结拜弟弟，三人亲如手足。叶翔暗恋大姐，大姐却对孟星魂情有独钟。孟星魂与八卦门掌门之女小蝶（王祖贤饰）是爱侣，小蝶亦已怀有孟之骨肉。四人面对纠缠的感情痛苦不已，而此时孟星魂亦与高大姐接下刺杀孙玉函（徐锦江饰），将西厂李公公控制下的聚贤山庄一网打尽的任务。到底任务能否完成？而四人的感情又将何去何从？

明末年间，中原与金国边境战火硝烟四起，姬无双（吴镇宇 饰）的魔教大行肆虐。朝廷与武林联合抗敌。武当派首徒卓一航（张国荣 饰）自幼桀骜不驯，但天资过人，极受掌门紫阳真人看重。卓一航幼年奇遇不断，先后结识了当时还只是武官的吴三桂（高雄 饰）与神秘的狼女（林青霞 饰）。成年后的卓一航为人正直，但浪子本性不改，不愿受礼教束缚，仗义行侠却屡屡受指。大师姐（蓝洁瑛 饰）对其倾心，卓一航却毫不动心。再次偶遇狼女，卓一航心生爱意，狼女亦为之倾心。然后正邪不两立，有情人面对诸般艰难险阻，终是黯然收场……

锦衣卫总管夏侯追捕转世灵童，灵童意外为叶飞（皇甫无名）所救，皇甫本为锦衣卫，几年前诈死以隐匿。夏侯之义子段十一与皇甫亦敌亦友，欲成为第一杀手，并爱上若碧，因此与皇甫形成竞争关系。为保护灵童，皇甫挚友醉和尚被杀，若碧被擒，夏侯以她诱捕皇甫，并试探段十一。段十一不忍杀若碧，被夏侯杀死。皇甫与若碧誓为十一报仇，并护送灵童平安返回寺庙。

街市无赖韦小宝（汪禹 饰）阴差阳错进了宫，意外还和康熙皇帝（刘家辉 饰）打成一片，成了死党。随后，他更成了康熙的忠臣，帮康熙出谋划策，除掉了心腹大患鳌拜，一时官至极品，曾经的街市无赖终于出人头地。小宝也并非事事顺利，因其曾受天地会舵主陈近南所救，拜了陈近南为师傅，所以他在宫内的一大任务就是帮助天地会取得太后那里的四十二章经。由于四十二章经关系重大，除了天地会、神龙教，甚至康熙都想查出其下落，小宝就在各方势力下鬼马周旋，最后更凭借其聪明才智成功脱身。