我们的使命，　　是击退企图破坏作品世界的【病毒】！　　我们要为了守护这个世界而努力！　　曾经号称御宅文化圣地的秋叶原如今也成为了商业街，　　动画和漫画的记忆逐渐被忘却，专卖店也逐渐关闭，变得所剩无几。　　支撑着作品世界的，是存在于人们心中的作品的“回忆”。但每当作品世界被病毒所破坏，作品就会从大家的记忆、回忆当中消除。　　我们的战斗，就是为了守护大家与喜爱的作品之间的“重要回忆”！　　在位于秋叶原一角的小小店铺“兔子小屋本铺”工作的12位女孩子的故事。　　为了打倒病毒、让秋叶原恢复成曾经的愉快街道，我们正在不断努力！

卯野咲（大桥彩香 配音）和御翔樱世（三泽纱千香 配音）组成了偶像团体“Magic Twin”，组合尚处于练习生的阶段，虽然两人每天都积极的展开着演艺活动，但人气始终都只能用平平来形容。樱世的哥哥桃拾（丰永利行 配音）也是出道偶像，隶属于人气爆棚的组合“STAR☆PRINCE”，咲一直深深的爱慕着桃拾，希望通过自己的努力能够有朝一日成为配得上他的女人。 　　一次偶然中，咲遇见了来自魔法世界的吉祥物可可洛（一条和矢 配音），并且在误打误撞中签订了契约成为了魔法少女。让咲没有想到的是，自己魔法少女的形象竟然是一个胸肌发达的男人！就这样，咲以男子之身肩负起了拯救世界保护爱人的重担。

2031年，由于作为次世代能量装置而开发的“量子反应堆”的暴走事故，世界剧变。突然从地下蔓延的闪光，吞噬都市楼群、覆盖大地，最终，超越、融合了生物、机械、植物的未知特异进化生物“B.R.A.I”出现了。　　7年后，翔龙重生为绝对防卫都市“新翔龙”。它以惊人的速度完成进化，并成为与陷人类于灭亡危机的B.R.A.I相对抗的人类最后的希望要塞。　　被命运所引导而集合在新翔龙的雷昂、可依、坤灵、道格。将他们迎入防卫军的塞西尔、凯恩、杰、格伦。于是，赌上人类存亡而战的特殊部队“潘多拉”诞生了。　　契约之时，希望被托付给了他们——

多田光良（中村悠一 配音）是一位平凡的高中二年级学生，祖父经营着一间和他同名的咖啡店。多田的梦想是能够成为一名摄影师，因为这是他已故的父亲的职业，多田希望自己有朝一日能够继承父亲的衣钵。一次偶然之中，多田在街上邂逅了名为特蕾莎（石见舞菜香 配音），特蕾莎是一位金发碧眼的德国女孩，来到日本留学。 　　多田帮助了迷了路又与同伴走散的特蕾莎，并将她带到了祖父的咖啡店中，令特蕾莎对他产生了深刻的印象。之后，特蕾莎成为了多田的同班同学，并结识了个性大大咧咧十分喧闹的伊集院薰（宫野真守 配音）、脑袋里不知道在想些什么的杉本一（梅原裕一郎 配音）等人。

2018年的某一天，少女们和另一个世界的“自己”相遇了——。 高中生土宫明日架与朋友们隶属“矿石电台研究会”，在一次游戏中，她们效仿都市传说举行了“某个仪式”。不料仪式打开了平行世界，她们踏入了与日常截然不同的领域，新世界的大门就此打开。

那还是人与非人的世界未曾分开的时代。 从亨德里克森与德雷弗斯两大圣骑士长的支配下夺回王国的“七大罪”以及伊丽莎白、霍克。王国诞生祭也平安结束，和平终于造访了里欧...

“我与你一同飞向天空。”　　甘粕桧曾根，是最近开始在航空自卫队岐阜基地任职的新人。　　过于率直而总是无意识地伤害他人，对此感到疲惫不堪的她，选择成为任期限定的自卫官。　　但，命运的邂逅彻底改变了她的人生。　　被秘藏在基地中、伪装成战斗机的龙选中了桧曾根，并和她一起飞向天空。　　就这样，搭乘“OTF（变态飞翔生命体）”的飞行要员，　　成为了桧曾根的工作。　　甚至能左右国家命运的龙，　　究竟隐藏着怎样的秘密呢……。