在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
灵界至尊太子惨遭算计身死，重生跌落凡尘沦为底层杂役！身怀绝世造化神丹与逆天功法，仅凭一柄锈剑掀翻整片武道世界。双武魂同步觉醒，炼化万灵、参悟神魂两道同修，天魔宝库、化龙秘境、远古遗迹尽数踏遍，魔尊铠甲、大荒镜等无上至宝尽收囊中。各路天骄、宗门蛀虫、域外邪族轮番上前找死， 全被他一剑横推、当场碾压！收服龙魂与通灵神犬，护尽身边红颜亲友，踏武王、破武皇、登临武尊，硬撼龙遮天、南宫凌天两大宿敌，撕碎上古黑暗动乱的尘封阴谋。 拳拳炸裂、剑光破穹的3D激战全程无憋屈，越级反杀、秘境夺宝、阵营争锋轮番上演，一路横推强敌，登顶太古至尊！
在人类生活的世界里，存在着另一个完全独立的平行世界纳尤古。纳尤古由拥有魔法的精灵师和精灵组成，他们将人类世界称之为“大方块”。10岁的小学生包小龙，大方块的一名小学生，然而他天生就有点不同，常常把老鼠、蟑螂等动物们看成可爱的小精灵。小龙的异常得不到家人的理解，更被同学和小伙伴们排斥。有一天，一颗粉红色的流星飞进了小龙的眼睛里，他开始听得到小精灵们的心声。精灵们不断涌现，惊呼小龙就是“那个人”黄金龙的精灵师。正当小龙迷惑不解时，他收到来自纳尤古齐格威精灵师学校尤达校长的信。
上古时期妖兽纵横，一位神秘道人分别授予了阴阳五行的特殊能力给金木水火土五个家族来抵抗妖兽，他们将妖兽驱赶到神隐雾山之中，设立结界。 雾山之中另有被封印于巨阙神盾之中的具有强大灵力的麒麟兽，常常吸引来那些想要提升妖力突破结界的妖兽。火行使者闻人翊悬为救其母私自打开了巨阙神盾，小麒麟趁机偷溜出来，妖兽界将掀起一 股腥风血雨......
白小纯合并下游四宗成立逆河宗后，成功挑战中游三宗立稳脚跟，被上游星空道极宗天人指名做质子，开启第三季质子篇。
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