在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
回到神秘侏罗纪，星猫教小朋友恐龙知识和勇敢精神。 黑魔王的元神从封印下逃脱，为了吸取足够的生命能源，黑魔王带领黑魔族小怪，来到地球上恐龙繁荣的侏罗纪，企图通过吸取恐龙身上的生命能源，强大自己的能量，让真身解封，统治宇宙。星猫与12星球战士及时降临，奋力阻止。当12星球战士对恐龙不了解时，星猫就会变成一个老师，手里拿着星杖，幽默的讲解恐龙知识，达到寓才于乐的目的。
何方知与阿牙循着线索一路探寻，终于找到了借刀杀人除掉林大人的幕后之人。此后，上凤鸣山，受凤阁主所托，前去西北救一人……在这一路上，何方知又遇到了形形色色的人，他们或居庙堂之上，或处江湖之中，每个人都有自己的选择，都在用自己的方式，坚持自己相信的东西……
这是一个关于正义和勇气的故事。看似热血耿直的少女治安都尉骆十七，与冷酷干练的游侠夏知秋一起，在已经丧失希望的久云镇，与强大的敌人不断地战斗，用自己的信念和勇气，铸造一柄坚持正义的无形之剑……
