在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
这是一部少年英雄成长史，以虚拟的“九州”世界为背景，讲述吕归尘、姬野、羽然等不谙世事的少年历经磨砺与坎坷，执着奋斗，携手互助，成长成熟，并发展出几段撼天动地的友情和爱情故事。北陆青阳部世子吕归尘作为质子来到东陆结识了一直不受父亲喜爱的庶子姬野，以及跟着爷爷避难而来的羽族公主羽然。三个小伙伴在太子学院中因身份原因饱受针对和挑战，在相互帮助和拯救的过程了建立起深厚的友谊，而羽然的开朗活泼洒脱个性也得到两个男孩的暗中倾慕，青涩的爱情正在萌芽。离国霸主赢无翳携天子以令诸侯，吕归尘、姬野、羽然追随一代忠将息衍等人发出正义之师，决战殇阳关，不料殇阳关之战的背后另有大阴谋。危难之际，少年们奋死而战，成长为一代领袖。
被称为第一废物的吴燃在一次战斗重伤中偶然激活乾坤之宝圣魂骰子系统，获得了奇异古怪的神骰技能，解救了小师叔，打败了女修仙者霓纱，但是没有想到女修仙者霓纱对他有了爱慕之心。并且要把吴燃抓回宗门。女修仙者霓纱联合白龙王，一同进攻地球城池，想要获得乾坤之宝。最终，吴燃打败了霓纱，守护地球城池。
家破人亡的落魄公主李长歌踏上复仇之路。
神王之子秦书身为神子，却天生凡体凡命，受尽天道界众人部夷厌弃甚至要被夺去神子身份，贬入凡间。直到他与主角相遇融为一体，开启万界签到系统，于混沌天绝云峰开启永动丹田。随后从神道界最底层走起，与修罗战、与鬼神斗、与武帝争，靠一己之力，斩尽神佛，独闯九九八十一重天顶，满天诸神都不能挡其路，以一介凡体走上神道之巅。最后从众多神子的生死决斗之中脱颖而出，独战九大帝子，破混元天尊夺取神道界的惊天密谋，成就新一代大帝。
林幸一名平平无奇的普通人，一次回家途中受人买了一本“绝世好书”，当他满心期待翻开书目的时候，一阵眩晕，再睁眼的时候发现自己来到一个陌生新奇的世界，而他的人生也从此被改写......
主角秦尘本是武域中最顶尖的天才强者，却遭歹人暗算，陨落大陆禁地死亡峡谷。必死无疑的秦尘，却意外触发神秘古剑的力量…… 三百年后，天武大陆偏僻之地，一位同名少年意外继承了秦尘的意志。作为大齐国军神定武王的爱孙，却因生父来历成迷，母子二人在定武王府中受尽冷遇，相依为命。 为了重写望日的强者神话，也为了守护自己所爱的一切，秦尘毅然决然扛起维护天下五国的大任，再度踏上武道之路。
故事发生在二千多年前的战国时期，秦始皇统一六国损兵达百万计，项燕兵败阵亡，少羽被困，高渐离、雪女、大铁锤赶来相救。兵败后，盖聂、墨家、项氏一族踏上逃亡之路。李斯进入儒家后，拜访先师荀子，荀子避而不见。同入儒家的少羽尊从法理少年老成，端木蓉由于被白凤所伤终日不醒，张良授计让天明与其对弈救木蓉。星魂对清秀的月儿产生浓厚兴趣反遭冷眼警告，月神把月儿带到东皇太一面前，东皇向她公布了自已的真实身世。少羽与天明观海时得知秦始皇要登临东海尽头的那座城市，暮色归途中又遇见流泪的石兰，交谈中少羽知道杀父仇人蒙恬来了，他该怎么办......
