在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
本部的故事不仅描绘了长城守卫军以及都护府的日常生活，还从不同阵营角色的视角来展现云中漠地的生活场景。不管是驻守边疆的长城守卫军，还是劫富济贫的马帮阵营，无论是家乡已荒芜一片的百年古人还是流浪在外的落魄王子，每个人都有自己要守护的那方天地，为了守护和平的生活，为了守护彼此的梦想，为了守护消逝的文化，为了守护家乡的人民……一个人的力量虽然有限，但守护彼此的信念却令他们无坚不摧。正是这份信念，让原本是陌生人的他们彼此欣赏，惺惺相惜，并收获了超越物质的“宝贵财富”。
臭名远扬的圣手牧天侯突遭暗算，引发江湖震动。两位正直弟子郑东霆和祖悲秋(废柴兄弟)因此相识，为帮师弟祖悲秋找寻十年未见的妻子，也为找寻杀害师父的真凶，一个名捕头和一个富二代阴差阳错的组合共闯江湖，踏上千里送休书的冒险之旅。二人来到扬州洛家，却遭遇洛家灭门惨案并被误会为凶手，江湖称“中原双凶”。二人一个有武功不能用（郑东霆），一个有武功不会用（祖悲秋），师兄弟虽意图洗冤但江湖各派对其误会却不断加深，武林正道群起而攻之。历经漱玉楼大战，歙州夜战，聚义厅论战等险境，二人发现这是一个针对他们的大阴谋...... 郑东霆为维护江湖道义，在武林精英汇聚的洛阳论剑大会上，使出神剑满天星击败反派弓天影，郑东霆虽违背了不使用武功的承诺但获得江湖各派谅解。师兄弟二人论剑大会后，又踏上了西征天山，打败昆仑魔教督红花，为师父报仇的旅程......
