神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
林欢本是富商之子，因意外而家道中落，沦为仇家的倒插门，重新归来的林欢，突然性情大变，打算重整旗鼓，利用自己梦中所见的奇闻奇物发展家业，在古代打造出属于自己的新时代。
赵放带着游戏系统来到了异世界，发现自己是一个被废了武功的废物少爷，身边只有一名侍女跟随。面对困境，赵放反而觉得展现自己的时机到了。拥有资深游戏经验的赵放，成功找到了系统BUG，拼命刷等级，历尽艰险，进入无数秘境，完成各种系统安排的任务……
由于多次抛弃队友逃跑，哀木涕受到了朋友们的鄙视，没有人愿意再和他一起冒险。沮丧的他获得了一件神奇的道具——草裙娃娃，只要摇一摇就能回到过去，从头开始。哀木涕依靠这件宝物回到了认识傻馒之前，幻想彻底改变命运。可他的任性反而引发了一连串的风波，甚至激起了联盟和部落的矛盾，导致了战争发生！眼看曾经的朋友们又一次陷入危机，哀木涕终于意识到了自己的错误。他再一次摇起草裙娃娃，而这一次不是为了逃避，而是为了自我救赎……
蓝幼薇发现自己不仅被查出得了乳腺癌，丈夫还一直出轨她的闺蜜，发现真相的自己，反而被赶出家门，难道只能等死了吗？正当自己发着烧晕到在路边，一个自带柔光的男人将她抱了起来，体育老师向律一直暗恋着蓝幼薇，可是这个男人远没有外表上的那么简单。蓝幼薇落魄前半生，向律偏执而上。“从今往后，我一直在你身边！”。
这一日，林枫正在林府凝聚武魂，不想，他才刚将剑武魂修炼成雏形，未婚妻姬漫夭就趁机夺走了他的武魂，还导致其差点吐血身亡。与此同时，林枫的精神进入到了葬神之地，葬神之地神秘女子告诉林枫，他可以通过磨灭葬身于此的古神，获得庞大的武道力量跟知识。 现实世界，原本是林家大少爷的林枫因为失去了剑武魂，从而不再受到家仆们的尊重，他们处处针对林枫，就连林枫的妹妹林香儿生病，他们都不愿意出手帮助分毫，直到林枫使用从葬神之地获得到的力量打败了黄阶武魂的强者——林宇宏，林家的人才对林枫的态度有所改观。 另外一边，林枫因为没能很好得控制最新得到的力量，杀死了正在跟自己决斗的秦骁。秦骁乃是秦家大长老的孙子，并且一直受到长老们的宠爱，如今秦骁被害，秦家长老自是不甘，他们一怒之下，跑到了林家府邸，要求林家将林枫双手奉上。
三千年前进入末法时代，天庭诸神迁徙异世，诸神只留残魂法身留世，唯有上古三皇大圣才能唤醒诸神，在此背景下的现代社会，李长（太白金星）收养了女娲转世的普通少女风小小并在其20岁时唤醒其原神，希望风小小可以唤醒诸神，帮助众神的法身重修，再振天庭。受经济压力所迫，风小小不得不答应。在遇见了首富之子杨砚并用符箓唤醒其二郎神的原神之后，两人抱着寻找同事、无法阻止以及有热闹不凑白不凑的心态，在以杨砚与李长为风小小所开设的陶艺吧为中心地点，在需要隐藏的神话身份不断与现实生活的碰撞的前提下，不光有因诸神法身陆续出现而惹出一系列的麻烦事，也有因与现实生活交集而导致的一系列冲突事件，开启了一行人等不一样的奇幻之旅。
