神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
一心想做个风流潇洒白衣剑客的穿越者孟奇，却在‘轮回空间’的一次次无限流极限任务中画风突变，成了闻名天下的‘雷刀狂僧’，然而这一切原来都在洪荒上古大能的诡谲算计之中。且看无敌逗比小和尚快意江湖，笑傲三界。
小卒萧陌为爱和军功奋斗三年，却被恋人柳莺儿与将军之子赵昊联手背叛，残忍杀害后抛尸乱葬岗。濒死之际，他唤醒了上古魔刀“幽冥”，获得驱使阴兵之力，化身“活阎罗”归来复仇。他利用附身控魂之能在军营制造恐慌，随后奇袭马匪山寨，建立起自己的第一块根据地——黑石堡，并收服墨家传人墨璇，打造机关。萧陌的势力迅速壮大，引得朝廷大将赵天雄（赵昊之父）率军围剿。萧陌凭借幽冥军与墨璇的机关术大败官军，并在战斗中发现自己竟是前朝大胤皇室遗脉。他以“前朝正统”之名，联合天下义军，与朝廷分庭抗礼。与此同时，他的行为也引起了正道仙门“青云宗”的注意，长老前来讨伐，反被萧陌揭露其门派藏污纳垢，最终败退。然而，这一切都落入了国师的圈套。萧陌击败皇帝，吞噬龙气后，竟无意中撕裂了上古邪神“黑厄”的降临通道。国师亮明真身，欲献祭京城百万百姓迎接邪神。为拯救苍生，萧陌放弃唾手可得的天下，在同伴的协助下，孤身持刀冲入裂隙，与邪神本源展开决战。
当你魂穿别人的时候，别人也在穿你。 这天，林凡与圣女同时穿越，之后更是发现，他们可以无限互穿！ 不断往返于两个时空之中，二人混乱的穿越修仙之旅就这样开始了。
幼年汤直与龙女的一次偶遇，意外开启了他的“天眼”——从此，他能看见往来人间的神仙与精怪。这双独一无二的眼睛，将他引入了一个与凡俗并行的世界。在那些难忘的经历中，汤直结识了形形色色的朋友，也在一次次看似寻常却暗藏奇妙的日常里，体会到欢笑与温情。
上古神兽貔貅皮皮来到了人间，为了躲避人类追捕，逃到了好友四不像开的专门帮助神兽的鹿人店，并结识了一群来自四面八方，性格各异的神兽，开始了远离人烟，轻松惬意的日常。
