神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
浮云司“影子”卧底陆尘因破坏魔教降神咒受到黑火诅咒，修为尽毁。度过长达十年的流亡隐居生活后，师父天澜再度现身，交给陆尘前往昆仑派寻找魔教卧底的任务，并且为修复受损的五行神盘，陆尘奉命成为昆仑派百草堂的杂役弟子。在执行任务的过程中，他结识了诸多好友与一生挚爱易昕，逐渐感受到人间温暖，同时从种种蛛丝马迹中触及到了昆仑背后的秘密，发现昆仑禁地封印的黑龙并非邪恶魔物，而一直声称为了大义的天澜竟也另有所图。认清事实的陆尘一时迷茫，在易昕的鼓励下决定正视过去，不再拘泥于所谓正邪之分，而要遵从本心行正确之事。
瀛洲界内，诸子百家，唐诗宋词，皆有书灵。在《唐诗三百首》中醒来的书灵顾七绝，骑着《山海经》的神兽驳， 与为了养活自己和一群妹子而努力奋斗的乐五音一起踏上了一条寻找唤醒其他书灵的道路。
六千年后，曾经鼎盛的剑士一脉已经衰落，只靠剑仙朝青秋一力撑着如今的剑士一脉，以对抗三教共十二位圣人，李扶摇身负大仇，在小国小镇说书为生，去剑山，去妖土，去佛土，在报仇之后，这才明白，整个人间都有一个巨大的骗局，为何六千年前剑士一脉会开始衰落，为何这六千年来，以及六千年前的圣人剑仙们都求不得长生？朝青秋为什么假死留在人间？佛土那盏灯笼到底是什么？妖土的那条龙又是不是天外来客？天外到底有什么？这些东西，都随着李扶摇的不断成长，一步步都被揭开。
皇朝将军的孙女苏荷为了调查灾祸原因来到天都附近的白雾山，谁知竟遇到大妖破封伤人，幸得方士莫寻真挺身相救。 而在大妖破封的背后，是一系列布局多年的阴谋诡计。 命运交织，真相待寻，冒险就此展开。
战斗分满级却一心赴死、渴望养老享乐的反差萌恶龙——魔界第一弑天王艾尔，因撞上城府满分的人类魔法师乐菲，阴差阳错变身养育乐菲之子迪诺的超级奶爸。迪诺会是一个普通而幸福的孩子，还是会勇敢举起勇士圣剑、直面自己的命运呢……
“在寒冷的冬日，与「黄金庭院」的大家一起做些可爱的事情，尽情留下特别的纪念，迎接属于我们的、独一无二的新年——嘿嘿，是不是很有仪式感呀？我想和大家一起创造更多这样美好的回忆，因为……我最喜欢大家了嘛♪”
